קדושת בית הכנסת
כל אדם צריך להזהר מאוד מאוד בכבוד בית הכנסת, כיון שיש בו קדושה ומעלה גדולה וחשובה. ובעניין קדושת בית הכנסת, כותב הרמב"ם (פי"א מהל' תפילה הלכה ה והלאה) "בתי כנסיות ובתי מדרשות נוהגין בהן כבוד ומכבדים אותן ומרביצין אותן, ונוהגין כל ישראל בספרד ובמערב בשנער ובארץ הצבי להדליק עששיות בבתי כנסיות ולהציע בקרקען מחצלאות כדי לישב עליהם, ובערי אדום יושבין בה על הכסאות. בתי כנסיות ובתי מדרשות אין נוהגין בהן קלות ראש כגון שחוק והיתול ושיחה בטלה, ואין אוכלין בהן ואין שותין בהן ואין ניאותין בהן ואין מטיילין בהן ואין נכנסין בהן בחמה מפני החמה ובגשמים מפני הגשמים, וחכמים ותלמידיהם מותרין לאכול ולשתות בהן מדוחק. היה לבית הכנסת או לבית המדרש שני פתחין לא יעשנו קפנדריא כדי שיכנס בפתח זה ויצא בפתח שכנגדו לקרב הדרך, שאסור ליכנס בהן אלא לדבר מצוה. מי שצריך ליכנס לבית הכנסת לקרות תינוק או חבירו, יכנס ויקרא מעט או יאמר שמועה ואח"כ יקרא חבירו כדי שלא יכנס בשביל חפציו בלבד, ואם אינו יודע יאמר לתינוק מן התינוקות קרא לי הפסוק שאתה קורא בו, או ישהה מעט בבית הכנסת ואח"כ יצא, שהישיבה שם מעסקי המצות היא שנאמר אשרי יושבי ביתך וגו'. עכ"ל הרמב"ם עיי"ש. עצם הישיבה בבית הכנסת היא מצוה, ובדרך רמז אמרו על הפסוק (תהלים פד, ה) "אשרי יושבי ביתך עוד יהללוך סלה", מכאן שמי שרק יושב בבית הכנסת יגיע בסופו של דבר ל"עוד יהללוך", וירכוש לו אהבת התורה וילמד תורה
קדושת בית הכנסת מדאורייתא
וכתב הרב בעל 'כף החיים' (סימן ק"נ ס"ק ו') שלדעת רוב הפוסקים, קדושת בית הכנסת, היא מדאורייתא, ולמדו זאת מהפסוק "ועשו לי מקדש" (שמות כח, ה), ובית הכנסת הוא בחינת מקדש מעט, ויש להזהר בכבודו מאוד מאוד.
בנין וסתירה בבית הכנסת
כל אבן ואבן בבית המקדש היא קדושה, והנותץ אבן מביהמ"ק עובר משום "בל תשחית" ומשום "לא תעשון כן לה' אלוקיכם", וה"ה בבית הכנסת שהוא מקדש מעט. ועל כן, אין לקדוח חורים בקירות בית הכנסת לצורך פרטי, ונכלל בכלל האיסור של זלזול בית הכנסת. אבל אם קודח חורים לצורך בית הכנסת, כגון חשמלאי שצריך לסתת בקיר לצורך עבודתו, מותר.
ואומר הרב בעל הבא"ח (ויקרא אות יז): "ואסור לנתוץ מהכותל אפי' אבן אחת, ואפי' לתקוע בו מסמר כדי לתלות בו איזה דבר אסור, ואין רשות ביד הקהל לתת רשות על דבר זה אפילו בממון". אם רוצים להרחיב את בית הכנסת ולשם כך שוברים קיר וכדו' - מותר. אבל אם רוצים להרוס חלק מבית הכנסת ולהופכו לעזרת נשים, אע"פ שזה דבר חשוב, יש בזה משום הורדת קדושה ואסור.